Должности федеральной государственной гражданской службы высшей группы должностей категории «руководители», учреждаемые для обеспечения деятельности СФ. Их количество определяет Председатель СФ. В 1999 году в штатное расписание Аппарата СФ была введена должность заместителя Руководителя Аппарата СФ ‒ начальника Правового управления, в 2014 году введена должность заместителя Руководителя Аппарата СФ – начальника Управления делами.
П. з., з. Руководителя Аппарата СФ назначаются на должность и освобождаются от должности распоряжениями Председателя СФ по представлению Руководителя Аппарата СФ. Согласно распределению обязанностей они направляют и контролируют деятельность структурных подразделений Аппарата СФ. П. з., з. Руководителя Аппарата СФ по поручению Руководителя Аппарата СФ в его отсутствие обладают полномочиями Руководителя Аппарата СФ, перечень которых Руководитель Аппарата СФ определяет своим решением.